En Anghiari han sido numerosas las compañías de hombres y mujeres que se dedicaron a actividades caritativas. Se presume que se originaron en la segunda mitad del siglo XIV y, en particular, a partir del 1348, año de la gravísima epidemia que diezmó la población europea. Acompañaban estas cofradías, cada una de las cuales se distinguía por el color de los mantos que llevaban puestos los cofrades, los nombres inspirados y a veces sugestivos: la Compañía Santa Maria de la Misericordia (o Compañía de Negros), la Fraternidad Santa Maria del Borghetto (o Fraternidad de Anghiari), la Compañía San Antonio, San Jacopo y San Cristoforo, la Compañía del Santísimo Crucifijo o Corpus Domini.

Las cofradías sobrevivieron hasta que las leyes del Gran Ducado en el 1785 suprimieron un gran número de estas compañías, transfiriendo sus activos a las diócesis, a las cuales ha sido confiada la gestión de las nuevas compañías caritativas. Sin embargo, la imposición autoritaria de las nuevas compañías hizo que éstas no recibieran el apoyo popular que habían tenido las pasadas cofradías. Por ese motivo, en el 1791, la Compañía Spirito Santo, activa desde el 1564 y reconocida por las más altas autoridades del Gran Ducado y de la Iglesia, recuperó su importancia. Pero poco tiempo después, el dominio francés habría nuevamente suprimido la Compañía, reconstituida inmediatamente después del período napoleónico. En modo particular, la Compañía se distinguió durante la epidemia de tifus del 1817.

En esta ocasión los miembros de la Compañía añadieron un sombrero a sus vestidos, un sombrero similar a aquel de la Misericordia de Florencia y por este motivo también fue llamada Cofradía de la Misericordia. Los cofrades de la Compañía se apresuraron a ayudar a los enfermos en todo el Municipio de Anghiari, llevándolos sobre sus hombros y, a veces, hospedándolos por unos días en los locales de su sede en la Abadía.

A principios de la segunda mitad del siglo XIX, para facilitar el transporte de los enfermos hacia el hospital de Sansepolcro, se dotó a la Compañía de una camilla con ruedas y un carro que representa el precursor de las ambulancias modernas. La construcción del Hospital de la Misericordia de Anghiari se refiere al 1870 y fue trasladado al Convento de la Cruz a principios del siglo XX.

Las salas de exposición, decoradas con restos de frescos del siglo XV, se encuentran en el edificio de Abadía, la antigua iglesia abacial San Bartolomeo Apóstol, sede de la institución desde el 1817. El museo recoge hallazgos de la actividad social llevada a cabo por la Misericordia en su presencia secular en el territorio de Anghiari, ampliando su interés también a todo lo que ilustra la historia, la cultura, la tradición del pueblo, incluyendo los instrumentos y el equipamiento sanitario del cesado "Hospital de la Misericordia".

El material ha sido recogido desde el 1975, gracias a la iniciativa de algunos miembros de la Cofradía y en particular del historiador local L. Babbini. Las herramientas son de finales del siglo XIX, en especial cuatro medios de transporte para los enfermos (una camilla con ruedas a tiro de caballo del 1861, un pequeño carro-camilla del 1909 llamado "en una escapada" debido a su uso en urgencias, un carro camilla con ruedas para el remolque a mano, un árgano de hierro para levantar a los enfermos de la cama).

Los objetos más importantes que se encuentran en el museo son los antiguos carros-camilla y las prendas usadas por los Cofrades de la Misericordia en el siglo XIX, los antiquísimos estatutos manuscritos de las Cofradías precedentes y las preciosas reliquias. Además, se puede también admirar la hermosa arquitectura y los frescos del siglo XV en la sala del museo, que una vez había sido una iglesia medieval.