Molteplici testimonianze attestano, a partire dal sec. XIII, l'origine del prodotto a San Gimignano. La qualità e rinomanza che fin dal 1200 ebbe lo Zafferano di San Gimignano è documentata non solo da una significativa esportazione del prodotto verso altre piazze italiane (Pisa, Genova), ma anche dalla inedita direzione assunta dalla corrente di traffico verso i paesi orientali e africani (Alessandria d'Egitto, Tunisi, Damietta, Acri, Tripoli ed Aleppo).
I guadagni che derivavano dal commercio dello zafferano erano talmente elevati da fare la fortuna di non poche casate, alcune delle quali decisero di impiegarli anche nella costruzione delle famose torri, tuttora motivo di orgoglio della città.
Lo zafferano si ottiene esclusivamente dalla parte rossa, sottoposta a tostatura, degli stimmi dei fiori provenienti dalla coltivazione del bulbo-tubero "crocus sativus L.". Molte operazioni vengono ancora eseguite a mano come nel Medioevo: la selezione dei bulbi, la raccolta dei fiori nelle prime ore mattutine, la mondatura e l'essiccazione presso il fuoco.
La zona di produzione dello zafferano è rappresentata esclusivamente dal territorio di San Gimignano.
Attualmente lo Zafferano di San Gimignano è oggetto di una significativa riscoperta sia sul piano gastronomico che farmacologico, è legato a molti prodotti tipici sangimignanesi, come il pane con la vernaccia e lo zafferano, e la schiacciata con lo zafferano.